软件程序中哪些部分可以申请专利，哪些可以申请软著呢？在软件程序中，可以申请专利的部分包括“程序中的算法和数据处理方法”、“程序的流程控制结构”、“程序的输入输出方式及界面设计”、和“程序中使用的技术手段及实现方法”。

可以申请软著的部分包括“程序的源代码和目标代码”、“程序的流程图、伪代码等描述性文档”、以及“软件的功能描述、用户界面设计等相关文档”。

软件著作权并不等同于专利。它们是两种不同的知识产权类型，各自受到不同的法律保护。

软件著作权：

属于著作权的范畴，受《著作权法》保护。

保护的是软件的源代码和目标代码，以及与之相关的文档，如用户手册、设计说明书等。

著作权的产生是自动的，即软件创作完成后，作者便自动获得著作权，无需经过任何官方登记或审查程序。

保护期限通常为作者终生及其死后50年。

专利：

受《专利法》保护。

保护的是软件中的创新技术或方法，如算法、数据结构、处理流程等。

专利的获得需要经过官方的申请和审查程序，确保其满足新颖性、创造性和实用性的要求。

保护期限通常为20年（发明专利），从申请日起计算。

简而言之，软件著作权主要保护软件的表达形式，而专利保护的是软件中的创新技术。软件可以同时享有著作权和专利保护，但它们是两种独立的权利，需要分别申请和获得。