杭州专精特新认定的收费主要包括以下几个方面：

1、申请费用：企业在提交申请材料时需要缴纳一定的申请费用，用于审核和评估企业的申请材料。这笔费用因地区和认证机构的不同而有所差异，一般在一千元到数万元之间。

2、审核费用：认证机构在审核企业申请材料时也需要支付一定的费用，这包括人工审核费、材料审核费等。同样，这笔费用也因地区和认证机构的不同而有所变化，一般范围在一万元到五万元。

3、服务费用：认证机构为企业提供认证服务时，还需要支付一些费用，如认证人员的工资、差旅费、材料费等。这笔费用根据认证机构和服务内容的差异而有所不同，一般在一千元到数万元之间。

4、请注意，不同的地区和认证机构，其费用标准可能有所不同。因此，企业在选择认证机构时，应综合考虑认证机构的信誉、服务质量、费用等因素，选择最适合自己的认证机构。

另外，除了上述的直接费用，企业还可能需要考虑其他间接成本，如准备申报材料所需的人力和时间成本，以及为了符合认定标准可能进行的内部调整或改进所需的投资。

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